El edificio se caracteriza por su unidad estética y la jerarquización de espacios. Es evidente que el arquitecto quiso darle mucha importancia al sitio donde se planta el museo ya que lo atraviesa en la parte central un canal que trae al puerto de Nagasaki y al mar dentro del edificio, y se convierte en un paso peatonal de gran importancia para los usuarios. Esto le da al espacio arquitectónico una razón de existir, lo ancla al sitio de manera permanente como si siempre hubiera estado ahí. El museo es protagonista pero al mismo tiempo se logra difuminar y relacionar con su entorno. El acceso principal es monumental, con una triple altura, una cubierta pesada que parece estar flotando sobre una caja de cristal y unas escaleras imponentes.
El museo no solo tiene un carácter estético, sino que tiene aspectos sociales y urbanísticos que van mas allá de su función principal que es la de espacio de exposiciones. La complejidad arquitectónica y estructural que tiene, así como la sutileza del diseño y su elegancia lo caracterizan por completo. Los diferentes niveles que crea a partir de escalinatas y el puente que lo cruza, proporcionan espacios armónicos y de contemplación.
El discurso del espacio se basa en un diálogo entre el exterior y el interior, modulando la entrada de luz a partir de cristal y cartelas, y bloqueándola por completo por muros pesados de piedra. Esto crea un sentimiento de misterio y juega con distinto puntos de vista, creando momentos y vivencias muy distintas al recorrer el mismo espacio. Es muy interesante la sensación de vivir el edificio en el exterior y poder experimentar los espacios interiores.
A pesar de la distinta solución a cada fachada por su orientación, existe unidad y un lenguaje creado a partir de la repetición y la elección de los materiales tan atinada. El ambiente de paz y armonía es único y muy característico del lenguaje japonés, situándolo dentro de una ideología y cultura.